文献类型：科技成果

中文题名：交趾黄檀SSR标记开发及其遗传多样性分析

完成人：刘福妹[1] 谌红辉[1] 劳庆祥[1] 马[1]

完成机构：[1]中国林业科学研究院热带林业实验中心;

年份：2020

语种：中文

中文关键词：交趾黄檀;品种选育;栽培技术;遗传多样性

分类号：S792.28

摘要：一、课题来源与背景：项目来源：广西自然科学基金项目；立项通知文号：2016GXNSFBA380089。起止日期：2016年9月至2019年8月。经费：5万元。立项背景：近年来，随着国民经济的迅速发展，人们对红木等高端、名贵用材的需求量急剧上升。而至今红木用材绝大多数源于天然林，且多数依赖国外进口，因此开展与红木用材相关的珍贵树种育种栽培研究有非常重要意义。但发展珍贵树种研究也存在人工林高效培育研究的力度及深度不够、缺乏良种等问题，因此开展珍贵树种种质资源收集、评价对加快珍贵树种育种的发展显得尤为重要。交趾黄檀是中国主要红木用材品种。该单位多年来从事珍贵树种研究，现已经收集并保存了4个种源26个家系的交趾黄檀资源。面对珍贵的育种羽料勹怎样在减少工作量的同时又能有效利用好资源，提高育种效率是一个重要议题。该研究基于交趾黄檀转录组测序技术开发交趾黄檀微卫星标记(SSR)，解决交趾黄檀SR标记数据不多问题的同时，利用SSR分子标记技术研究交趾黄檀种内遗传多样性，为交趾黄檀分子育种、种质资源创新与新品种选育提供理论依据，为交趾黄檀分子遗传学研究奠定良好基础。 二、研究目的及意义：该研究基于群体遗传学、分子系统学理论和方法，旨在全面研究收集交趾黄檀资源的遗传结构和遗传多样性，交趾黄檀资源的持续利用、资源保护、育种种质资源创新提供理论基础和实践基础。 三、主要论点与论据：1.利用通过转录组高通量测序技术获得的结果，开发交趾黄檀SSR标记采集交趾黄檀的嫩芽提取RNA并检测质量，以mRNA短片段为模板，完成cDNA文库的构建。然后对文库的数据进行过滤及Denovo组装，获得unigene序列，搜索其SSR位点；同时，将获得的序列比对到蛋白数据库NR、Swiss-prot、KEGG和COG，得到与给定基因具有最高序列相似性的蛋白，从而获得该基因的蛋白功能注释信息，可以为交趾黄檀基因组和蛋白组的研究提供参考依据。2.利用获得的SSR标记，构建最适合交趾黄檀的SSR-PCR体系对搜索到的位点进行分析，筛选出合适的位点，利用软件设计大概50对引物，合成引物，进行PCR检测，筛选出特异性高的引物；然后，不断调整模版和引物浓度，退火温度等各个条件，构建合适的PCR体系。3.利用构建好的SSR-PCR体系，对收集的交趾黄檀进行种内遗传多样性研究